Tak jestli je to jako v programu Pohoda, tak tam se to musí zapsat ručně.
Jestli bylo vícero zálohových faktur, pak konečná faktura v různých měsících, tak třeba v Pohodě to nejde. Záleží, co umí váš program. Nejlépe by bylo zavolat na podporu programu, třeba vám poradí.